統(tǒng)一江南
主詞條: 鄱陽湖大戰(zhàn)、平江戰(zhàn)役
大敗陳友諒
朱元璋建立以應(yīng)天為中心的根據(jù)地，在長江上游有陳友諒，長江下游有張士誠，東南鄰方國珍，南鄰陳友定。方國珍、陳友定的目標(biāo)在于保土割據(jù)，張士誠則對元朝首鼠兩端，沒有多大雄心；陳友諒最強，是朱元璋占領(lǐng)應(yīng)天后遇到的最危險的敵人。
陳友諒本是徐壽輝手下大將倪文俊的部下。后來他殺死倪文俊，并于1360年挾持徐壽輝，攻占了太平、采石。于是陳友諒以為應(yīng)天唾手可得，就殺了徐壽輝，在采石稱帝，國號漢，改元大義。
接著，陳友諒約張士誠東西夾擊應(yīng)天，平分朱元璋的領(lǐng)地，應(yīng)天大震。朱元璋只好召集眾將商量對策，一時眾說紛紜。惟有劉基默不作聲，朱元璋于是征求他的意見，劉基認(rèn)為目前最危險的敵人莫過于陳友諒，必須集中力量消滅他。雖然陳友諒勢力強大，但是他殺君自立，部眾離心，人民疲敝，故而不難戰(zhàn)勝，只要等他們深入，再以伏兵擊之，不難取勝。 朱元璋同意劉基的判斷，于是設(shè)計誘敵深入，制造戰(zhàn)機。朱元璋的部將康茂才和陳友諒是老朋友，于是康茂才修書一封，派人送到陳友諒營中，約陳攻擊應(yīng)天，并說愿意在江東橋作內(nèi)應(yīng)。
六月二十三日早晨，陳友諒率艦隊主力趕到應(yīng)天郊外的江東橋，才發(fā)現(xiàn)橋是石橋而非木橋，方知受騙中計。但為時已晚，朱元璋的伏兵奮起攻擊，陳友諒大敗。朱元璋收太平，占領(lǐng)信州、安慶。陳友諒敗逃九江，第二年八月攻下安慶，于是朱元璋率軍直取陳友諒的老巢江州，陳友諒逃往武昌，朱元璋攻克江西和湖北東南部。
正在這時，中原紅巾軍發(fā)生分裂，力量削弱。至正二十三年二月，張士誠乘人之危，派部將呂珍進(jìn)攻安豐，劉福通向朱元璋求救。待到朱元璋率軍趕到安豐時，劉福通已被呂珍殺死，朱元璋只救出小明王韓林兒，把他安排在滁州居住。朱元璋率主力營救小明王時，陳友諒認(rèn)為反攻時機已到，于是率兵進(jìn)攻洪都。朱元璋的侄子朱文正率領(lǐng)將士堅守八十五天。至正二十三年（公元1363年）七月，朱元璋統(tǒng)兵二十萬，進(jìn)發(fā)洪都，陳友諒獲悉后，撤出圍軍，迎戰(zhàn)朱元璋，雙方在鄱陽湖展開決戰(zhàn)。鄱陽湖水戰(zhàn)從八月二十九日開始，至十月三日結(jié)束，進(jìn)行了三十六天。朱元璋的軍隊充分發(fā)揮小船靈活的長處，火攻陳軍，最終取勝，陳友諒被亂箭射死。
至正二十四年（公元1364年）元旦，朱元璋稱吳王，建百官司屬，仍以龍鳳紀(jì)年，以“皇帝圣旨，吳王令旨”的名義發(fā)布命令。因1363年張士誠早已自立為吳王，故歷史上稱張士誠為東吳，朱元璋為西吳。
至正二十四年（公元1364年）三月，朱元璋再次到武昌督兵攻城，陳理最終出城投降。在吞并了陳友諒后，朱元璋的下一個目標(biāo)就是張士誠。
消滅張士誠
張士誠早年販賣私鹽為業(yè)。元末發(fā)動鹽徒起義，于1354年在高郵稱誠王，建國號為周，建元天佑。1356年，建都平江。消滅陳友諒后，朱元璋于至正二十五年十月進(jìn)攻張士誠，一舉攻下通州、興化、鹽城、泰州、高郵、淮安、徐州、宿州、安豐諸州縣，將東吳的勢力趕出江北地區(qū)。
至正二十六年（公元1366年）五月，朱元璋發(fā)表檄文聲討張士誠。同年十一月，杭州、湖州先后投降朱元璋，平江成為孤城。于是朱元璋以重兵包圍平江，發(fā)動平江戰(zhàn)役。
在圍城的同時，朱元璋派廖永忠去滁州接小明王韓林兒到應(yīng)天來，但在瓜州渡江時悄悄將船底鑿漏，小明王沉于江底。接著，朱元璋宣布不再以龍鳳紀(jì)年，稱1367年為吳元年。
平江戰(zhàn)役開始時，朱元璋筑墻圍城，并造有三層的木塔樓，高過城墻，以弓弩、火銃向城內(nèi)射擊，還設(shè)襄陽炮日夜轟擊。城內(nèi)一片恐慌，張士誠幾次突圍都以失敗告終。張士誠反復(fù)無常，貪圖享受，對部下也十分放縱。平江被圍困的最后一天，張士誠弟弟張士信在城頭督戰(zhàn)，仍不忘享樂，坐在銀椅上飲酒，左右侍奉的人遞桃子給他，結(jié)果桃子還沒到口，恰好一炮打來，腦袋被打得粉碎。朱元璋曾多次派人勸降，都被張士誠拒絕。張士誠死守平江，糧盡后，便以老鼠、枯草為食；箭盡了，便以屋瓦為彈。直至正二十七年（公元1367年）九月初八，朱元璋率軍攻入平江城，張士誠則展開巷戰(zhàn)相抵抗。最后，張士誠被俘，解往應(yīng)天。朱元璋問話，他不搭理；李善長問他，他則破口謾罵。無奈，朱元璋只得命手下衛(wèi)士以亂棍打死張士誠。當(dāng)時張士誠47歲，東吳滅亡。
殲滅方國珍
至正二十七年（公元1367年），朱元璋命湯和為征南將軍，討伐割據(jù)浙東多年的方國珍。后命胡廷瑞為征南將軍，何文輝為副將軍，進(jìn)攻福建。同年，方國珍投降。
主詞條: 洪武之治、徐達(dá)北伐
至正二十七（1367年）十月甲子日，朱元璋命中書右丞相徐達(dá)為征虜大將軍、平章常遇春為副將軍，率軍25萬，北進(jìn)中原。北伐中發(fā)布《諭中原檄》，文告中提出“驅(qū)逐胡虜，恢復(fù)中華，立綱陳紀(jì)，救濟(jì)斯民”的綱領(lǐng)，以此感召北方人民起來反元。
朱元璋對北伐又作出了部署，提出先取山東，撤除元朝的屏障；進(jìn)兵河南，切斷它的羽翼，奪取潼關(guān)，占據(jù)它的門檻；然后進(jìn)兵大都，這時元朝勢孤援絕，不戰(zhàn)而取之；再派兵西進(jìn)，山西、陜北、關(guān)中、甘肅可以席卷而下。北伐大軍按計而行。徐達(dá)率兵先取山東，再西進(jìn)，攻下汴粱，然后揮師潼關(guān)。朱元璋到汴梁坐鎮(zhèn)指揮。
明洪武元年（1368年），朱元璋于南京稱帝，國號大明，年號洪武。大封諸將為公侯，部份追封為王。初封六公，其中以五大將、一大臣為開國元勛。分別為：韓國公李善長、魏國公徐達(dá)、鄭國公常遇春、曹國公李文忠、宋國公馮勝、衛(wèi)國公鄧愈。而后又追封胡大海為越國公、戰(zhàn)死的丁德興為濟(jì)國公，湯和為信國公、馮國用封郢國公。次年，明太祖于雞鳴山立功臣廟，六月初三日廟成，朱元璋親定功臣位次，以徐達(dá)為首，次常遇春、李文忠、鄧愈、湯和、沐英、胡大海、馮國用、趙德勝、耿再成、華高、丁德興、俞通海、張德勝、吳良、吳楨、曹良臣、康茂才、吳復(fù)、茅成、孫興祖凡二十一人。死者像祀，生者虛位。又以廖永安、俞通海、張德勝、桑世杰、耿再成、胡大海、丁德興七人配享太廟。
洪武元年（1368年）七月，各路大軍沿運河直達(dá)天津，二十七日進(jìn)占通州。1368年八月，明軍進(jìn)逼北京，元順帝帶領(lǐng)三宮后妃、皇太子等開健德門逃出大都，經(jīng)居庸關(guān)逃奔上都。棄城而走，全部逃往蒙古草原。其余庫庫帖木爾、李思齊等手握重兵勇于內(nèi)戰(zhàn)的軍閥，在明軍攻來時，全部逃跑。蒙古在中原98年的統(tǒng)治結(jié)束，明朝取得了在長城以內(nèi)地區(qū)的統(tǒng)治權(quán)，中國再次回歸到漢族建立的王朝的統(tǒng)治之下。
主詞條: 洪武之治
朱元璋在位期間，下令農(nóng)民歸耕，獎勵墾荒；大搞移民屯田和軍屯；組織各地農(nóng)民興修水利；大力提倡種植桑、麻、棉等經(jīng)濟(jì)作物和果木作物、他還徒富民，抑豪強；下令解放奴婢；減免稅負(fù)，嚴(yán)懲貪官；派人到全國各地丈量土地，清查戶口等等。經(jīng)過洪武時期的努力，社會生產(chǎn)逐漸恢復(fù)和發(fā)展了，史稱洪武之治。
“朕膺天命三十有一年，憂危積心，日勤不怠，務(wù)有益于民。奈起自寒微，無古人之博知，好善惡惡，不及遠(yuǎn)矣。今得萬物自然之理，其奚哀念之有?；侍珜O允炆仁明孝友，天下歸心，宜登大位。內(nèi)外文武臣僚同心輔政，以安吾民。喪祭儀物，毋用金玉。孝陵山川因其故，毋改作。天下臣民，哭臨三日，皆釋服，毋妨嫁娶。諸王臨國中，毋至京師。諸不在令中者，推此令從事。” ——朱元璋遺詔
洪武三十一年閏五月初十（1398年6月24日），朱元璋駕崩于應(yīng)天皇宮，葬紫金山孝陵。洪武三十一年六月甲辰，上謚曰“欽明啟運俊德成功統(tǒng)天大孝高皇帝”，廟號太祖。永樂元年六月十一日丁巳，增謚“圣神文武欽明啟運俊德成功統(tǒng)天大孝高皇帝”。嘉靖十七年十一月朔，改謚“開天行道肇紀(jì)立極大圣至神仁文義武俊德成功高皇帝”。